Estoy totalmente de acuerdo con Torremangana. Madrid fue capital de Castilla porque así lo quisieron sus monarcas. De hecho el nombre oficial de Madrid (todavía hoy) es "Villa y Corte de Madrid".
No obstante, como ha dicho otro forero, primero ocupémonos de la independencia y luego ya discutiremos dónde ponemos la capital. Quién sabe, a lo mejor Santander, por poner un ejemplo, es mejor candidata a capital actual por aquello de que da al mar y está mejor comunicada...