Le podran meter todos los aderezos que quieran , pero los tres se basan en el stokavski, y los tres estandares son muy similares. Los croatas tranquilamente podrian tranquilamente haber elegido la variante de Zagreb, que es parecida al esloveno, pero eligieran la variante que utilizan la mayoria de los serbios, que curiosamente es tambien la mas hablada por los croatas. Lo del diferente tipo de escritura no tiene nada que ver con ninguna normalizacion linguistica. Simplemente es un asunto religioso. Los serbios son ortodoxos , y la iglesia ortodoxa ha utilizado la escritura cirilica en general. Los pocos que no lo hacen son los rumanos , porque su idioma proviene del latin. Los mismos serbios tambien suelen escribir de vez en cuando su idioma en caracteres latinos, no solo en cirilicos. Por otro lado , el idioma serbocroata no solo se ha disgregado en serbio,croata, sino tambien en bosniaco y montenegrino , cuando todo el mundo lo considera el mismo idioma ,y tienen diferentes nombres simplemente por cuestiones meramente politicas, y las diferencias dialectales reales que pueda haber, son regionales , y no etnicas o religiosas. Oficialmente todos los etnicamente croatas hablan el idioma croata, pero la realidad es que los de ZAgreb y del oeste de Zagreb, hablan a lo esloveno, mientras que en la mayor parte del resto hablan parecido a lo de los serbios-bosnios , y en la costa Dalmata hablan a lo suyo.
Bien, has leido algo por internet. Vayamos por partes.
Lógicamente el serbocroata es una lengua pluricéntrica que políticamente ha desaparecido. Filológicamente es una lengua, por supuesto, compuesta por tres dialectos, dos de los cuales tienen una extensión moderna muy reducida (la kajkavica y la čakavica, el croata de Dalmacia y el primer dialecto croata escrito). El tercero, el dialecto štokavski es el hablado en Zagreb y Belgrado, pero la diferenciación entre el croata y serbio actual no se refiere a esta base dialectal, sino que tiene en cuenta otras isoglosas:
1) En el plano fonético-fonológico el croata es ijekavski (miljeko, lijepa djevojka), mientras que el serbio estándar es ekavski (mleko, lepa devojka - es decir, "leche", "chica bonita"). Esto viene de una antigua jat que ha evolucionado de forma distinta.
2) En el plano composicional hay algunas diferencias significativas como la formación del femenino (croata profesor-ica, serbio profesor-ka) o la formación de neoverbos (croata organiziram, sr. organizovam, "yo organizo").
3) En el plano semántico es donde más diferencias existen y se están introduciendo. Los croatas son puristas, los serbios tiran de internacionalismos (hr. siječanj - sr. januar, hr. nogomet - sr. fudbal, etc.), otras veces son vocablos completamente distintos (hr. kruh - sr. hleb, "pan"). En Bosnia se están reintroduciendo una gran cantidad de turcismos y arabismos (ya los había antes también).
4) En el plano sintáctico el infinitivo no se utiliza en construcciones modales en serbio, sí en croata: hr. ne volim učiti baskijski - ne volim da učim baskijski, "no quiero aprender vasco".
Como ves, siendo una misma lengua, existe potencial para que, con el tiempo, se formen dos o tres lenguas completamente distintas. Y, al contrario de lo que piensas, la mayor diferencias entre ellas es la religión, pues se trata de lenguas estándares impuestas desde la escuela a una población que, en un principio, hablaba dialectos comunes (ijekavski eran tanto zonas croatas como serbias o bosnias).
Y eso de que los de Zagreb hablan a lo esloveno... no sé qué habrás escuchado en Zagreb o qué habrás entendido, pero el croata y el esloveno, sino se hablan despacio, son tan entendibles como el español y el portugués, esto es, relativamente poco.

