Me parece que si te vas a guiar por la población para dar importancia a las ciudades en ésa época vas a tener que investigar muchísimo, y además quedarte con la cifra que más te plazca, ya que se tergiversaban cifras, unas de los funcionarios estatales para recaudar más impuestos (ponían más población de la que había) y la de los funcionarios locales o provinciales, para pagar menos impuestos.
La institución más fiable y que más contabilizaba a la gente era la iglesia, con los sacramentos, ya que apuntaban todos los acaecidos.
Un ejemplo:
...La primera estimación de la ciudad de Palencia que encontramos en el siglo XVI es la del año 1530, publicada por Tomás González y aceptada, entre otros, por Carande, y que la fija en 7.500 habitantes...
...En el archivo de Simancas se ha encontrado con fecha de 31/12/1562 un recuento de vecinos (8.585) pero no se incluye en éste padrón la población de los conventos...
Y en el libro que te recomiendan sobre Burgos "La ciudad menguada" ya en él advierten que "....Conviene recordar que el padrón se refiere a los cabezas de casa, de
modo que los criados, las mujeres y los trabajadores eventuales empleados en el servicio
doméstico, el mercadeo, la construcción y los lavaderos de lana no alcanzan el
peso que en realidad debían de tener...."